Cloud est un jeune garçon habitant la ville de Nibelheim. Il vit dans la solitude, puisque la plupart des enfants de l'agglomération ne lui porte que très peu d'intérêt. Seule une jeune fille du nom de Tifa s'intéresse à Cloud. Un jour, ils partent tous en expédition sur le mont Nibel mais ont un accident : Tifa est blessée et les adultes accusent Cloud. En revenant au village, notre héros décide de devenir un Soldat, tout comme Sephiroth, un grand guerrier.
A l'âge de quatorze ans, il part pour Midgar et commence son entraînement de Soldat. Durant sa formation, il est envoyé en mission à Nibelheim pour vérifier un des réacteurs Mako avec Sephiroth. C'est à ce moment que tout bascule, puisque Sephiroth découvre ses origines et sombre dans une filie meurtrière, qui entraînera le massacre de nombreux habitants. On ne sait par quel miracle, Cloud survit et retourne à Midgar sept ans plus tard, cette fois dans l'intention de se débarrasser de la Shinra, en rejoignant le groupe Avalanche.
La planète est sur le point de mourrir : en effet, sa source principale d'énergie, le Mako qui est en réalité la fusion de toutes les énergies émises par les êtres vivants, est en train d'être épuisé par une puissante corporation qui la transforme en matière première "utile" aux habitants. Cette entreprise, c'est justement la Shinra, siégeant à Midgar, qui construit des réacteurs sur toute la surface du globe.
Avalanche est dirigé par Barett, qui se méfie beaucoup de Cloud (être Soldat signifie avoir travaillé pour la Shinra) ; mais Tifa, qui appartient également au groupe de rebelles, réussit à convaincre Barett que le jeune homme est un élément essentiel à l'accomplissement de leur mission. Leur but est en effet commun : ils veulent arrêter le développement de la dangereuse corporation. Mais ils ne tardent pas à être confrontés à un danger bien plus grand, lorsque le président de la Shinra est assasiné : on le retrouve une épée plantée dans le dos, épée bien connue de Cloud...